Вносить изменения нужно где-то рядом с оверлеем\шаблоном геобьекта.
Можно например по таймеру менять опцию iconOffset чтобы метка прыгала немного...
Также сейчас практически не возможно сделать анимацию на удаление обьекта с карты - потому что он удаляется, а оказаться от удаления из родителя нельзя.
Можно только в начале эту анимацию показать по внешней команде, а потом удалиться.
Подскакивание понял как сделать, но еще хочется, чтобы маркеры «вырастали» из земли при добавлении, ну и уменьшались при удалении, как в приложении карт для айфона.