В текущей версии вам придется переопределить макет балуна и подписываться на клики на нужном элементе. В ближайшем релизе приедут доделки кластера, где можно будет легко отслеживать смену активного элемента в балуне.
В будущем релизе будет возможность задать свой макет для пункта списка в балуне - вы сможете задать макет, слушать событие на дом-элементе, отвечающем за него, и по нему менять содержимое балуна.
То же можно сделать сейчас, но пока что можно переопределять только содержимое всего балуна целиком.
То есть сейчас, создав свой балун через макеты, получив на него информацию с нескольких точек от геокодера, что будет меняться при отлове события? Или в том смысле что нет возможности отлавливать с конкретно указанного пункта, а только с области балуна без разграничения на его элементы?
Для того, чтобы вставить какую-то логику в балун, нужно получить доступ к его внутренностям. Получить доступ к его внутренностям можно только если самому их создать и контролировать. На данный момент можно полностью заменить содержимое балуна, и запрограммировать там все, что захочется (слушать клики или другие события на каких-то дом-элементах).
В будущих релизах появится возможность подменять части балуна - например макет пункта меню, а остальные части балуна использовать стандартные.