Baloons, polylines на собственной карте.

Посмотрел, проблема не воспроизвелась. Вот то что "нога" балуна не совпадает с "ногой" плэйсмарка, это да. Это лечится заданием в base.iconStyle.offset = new YMaps.Point(0, 0); не (0, 0), а нужного отступа. Еще на Вашем месте я бы отключил подсказки к инструменту масштаба, добавив в конструктор параметр noTips вот так: map.addControl(new YMaps.Zoom({ noTips: true }));