В 2.0.15 всё было нормально, а в 2.0.17 наблюдаю такое поведение:
На карте две метки, являются объектами кластера, но на определённом масштабе показываются отдельно. Проверяем Clusterer.getObjectState() одной из меток, видим, что isClustered == false. Уменьшаем масштаб, метки объединяются, isClustered == true. Увеличиваем масштаб, метки снова показываются отдельно, но всё-равно isClustered == true.
UPD: Поведение исправлено в 2.0.18.