цвет полигона.

ВАШ_ГЕООБЪЕКТ.options.set({fillColor: "ffffffaa",strokeWidth: 2 ,strokeColor: "ff0000aa" });

ffffffaa - заливка белый цвет с средней прозрачностью (аа - прозрачность ff- не прозрачно, 00 - полная прозрачность)

ff0000aa - граница красный с средней прозрачностью

 myPolygon.events.add('mouseenter', function(e){

                    fillColor=myPolygon.options.get('fillColor');

                    myPolygon.options.set('fillColor', "цвет который будет при наведении");

                });

 myPolygon.events.add('mouseleave', function(e){

                    myPolygon.options.set('fillColor', fillColor);

                });