Получение всех меток на карте

перебрать массив точек, который вы передаете кластеризатору

и проверить попадание координат каждой из них в область с помощью метода contains

var bounds = new ymaps.geometry.Rectangle(myMap.getBounds());

bounds.setMap(myMap);

bounds.options.setParent(myMap.options);

points.forEach(function (point) {

    console.log(bounds.contains(point.geometry.getCoordinates()));

});