В первой версии - была полезная штука balloonOptions.margin
Выставил тступы и спокоен, что ничего балун не закроет.
Почеиу томне подумалось, что точно также, как
balloonPane: 'movableOuters',
balloonShadowPane: 'movableOuters'
можно перенаправить балун в другой контейнер (меньше карты).
но ничего не получилось...