zIndex и zIndexHover для самой метки не помогает...
метку задаю так:
myPlacemark = new ymaps.Placemark(firstGeoObject.geometry.getCoordin ates(), { iconContent: '',balloonContentHeader: "<strong class='class_name'>name</strong>",balloonContentBody: "body content",balloonContentFooter: "<span style='font-size:10px;'>footer content</span>",hintContent: "<strong class='class_name' style='z-index: 8999;'>my hint</strong>",zIndexHover: 9000},{preset: "twirl#brownIcon",zIndexHover: 9000});
карта и все её элементы отображаются в попапе, а вот hint под этим самым попапом :(