в принципе MySQL содержит встроенные географические типы данных и функции по их анализу
Spatial Extensions (http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/spatial-extensions.html), но там много граблей, в частности функции по выявлению зависимостей между геометрическими объектами (contains, crosses, distance и т.п.) реализованы неполноценно. Если на серверной стороне каких-то манипуляций с геоданными не предвидится, то почему бы не хранить просто по раздельности широту и долготу в формате decimal с двумя или тремя знаками после запятой?
Или, я поступаю еще проще (поскольку на серверной стороне обработка не ведется, только хранение) - делаю текстовое поле и туда из клиентской части передаю строку "[10.5, -5.7]" (к примеру). правда это диктуется тем, что я храню в БД том числе и полигоны, поэтому мне проще одной строкой записать весь массив вершин, чтбы потом без заморочек извлекать для рисования полигона на карте