Думал для этого предназначена функция getParent, но при таком запросе:
collectionGroup1.add(Point1);
Point2 = new ymaps.Placemark([ items[2].position[0], items[2].position[1] ], data);
var tmp = Point1.getParent();
tmp.add(Point2);
назначение в collectionGroup1 не происходит.