алгоритм получения ошибки:
идём сюда: http://www.eeyore.arounds
map.addOverlay(placemark1); placemark1.openBalloon();
и уменьшаем масштаб, для наглядности
выбираем тип точек такой же как отрытая (в данном случае красные(культовые))
map.addOverlay(gCollection[1]);
выбираем "очистить"
map.removeAllOverlays();
При этом часть точек остаётся нарисованными. И при изменении масштаба остаются (или перепрыгивают, если двигались в стороны) на прежних местах относительно окна, уже не соответствующих карте.