Принадлежность точки кругу, всегда true

Разве параметр radius должен быть в метрах или километрах :-)?

Добрый день.

А почему вы используете базовую геометрию geometry.base.Circle вместо обычной geometry.Circle? Базовые геометрии работают в единичных координтах вне контекста карты, соответственно они не предназначены для работы с географической системой координат.

Чтобы рассчитывать contains на круге, заданном широтой, долготой и радиусом в метрах, используйте геометрию geometry.Circle таким образом:

var circle = new ymaps.geometry.Circle([50.451118, 30.522301], 200000);

circle.setMap(myMap); // В геометрию обязательно должна быть задана карта.

circle.options.setParent(myMap.options); // В опциях карты находится информация об используемой проекции, координатной системе, и другие необходимые параметры.

circle.contains([55.028739, 82.906928]);