Как задать отступ Balloon от края карты при создании Placemark?

Добавьте эту опцию той коллеции, в которую Вы добавляете метки,

либо myMap.geoObjects, если Вы добавляете их прямо к корневую коллекцию карты.

Типа того: 

myMap.geoObjects.options.set('balloonAutoPanMargin', ...);