Добрый день.
Знаю, что работа карт не гарантируется в quirks mode, но все же хочется решить проблему без добавления доктайпа.
Проблема проявляется только в IE и заключается в следующем:
не отображаются кастомные метки на карте, потому что их родителям проставляются css-свойства width и height равные 0.
<ymaps class="ymaps-overlay-stepwise-pane" style="left: 652px; top: 400px; position: absolute; z-index: 600;"><ymaps class="ymaps-point-overlay" style="left: 186px; top: -50px; width: 0px; height: 0px; position: absolute; z-index: 650;" unselectable="on" id_1366360425117188="id_1366360425117188130"><ymaps><ymaps style="POSITION: absolute; WIDTH: 0px; HEIGHT: 0px; OVERFLOW: hidden; TOP: 0px; LEFT: 0px" class=ymaps-image-with-content><ymaps style="POSITION: absolute; TEXT-ALIGN: center; WIDTH: 0px; FONT: 13px Arial,sans-serif; HEIGHT: 0px; TOP: -10px; LEFT: -10px" class=ymaps-image-with-content-content><ymaps id=id_13663604251171884_1 id_1366360425117188="id_1366360425117188129"><ymaps>содержимое кастомной метки</ymaps></ymaps></ymaps></ymaps></ymaps></ymaps></ymaps>