Название городов выше меток

стоит только захотеть! :-)

можно даже автоматизировать. взять какой-нить справочник (например, КЛАДР), получить координаты городов, а там уже дело техники.

на самом деле - несложно.

Ничего не выйдет. У меня есть справочник. Он подробнее, чем у Яндекса ) Многие координаты Яндекс не определит. Но главное — подобрать шрифт (размер, положение) надписи, чтобы он попиксельно совпадал с яндексовским, практически невозможно.

что значит - координаты яндекс не определит? В смысле, что не отгеокодирует?

в сети есть базы с названиями городов и координатами (например, в базе данных geoip). 

Положение надписи тоже необязательно. можно сделать метку красивую в центре города. 

Такой вариант не подходит, т. к. будет видно и «родное» название города (если оно полностью не закрыто метками).

Возможно следует подумать о своих картах.

Почему (и зачем) вы полностью забиваете карту информацией?

Быть может ее можно как-то по другому представить?

Также укажите когда и где у вас закрываются названия городов. Быть может будет проще специально закрыть города и рисовать что нужно поверх них?

PS: самая полная база населенных пунктов - geonames.org

У нас не настолько крутая студия, чтобы потянуть свои карты )

На карте отмечаются объявления о продаже недвижимости.

У Яндекса решено по-другому — показываются не всё объявления, их нужно листать. Мне такая реализация жутко не нравится (смысл показа на карте теряется).

Под своими картами я подразумевал ваши карты на вашем сайта.

Те подумайте о "своих картах" == подумайте правильно ли вы там все показываете.

Как любил говорить один человек - если на карте не видно карту - подумайте.

Правильное замечание, но моя проблема актуальна в основном при показе карты с большой высоты (при маленьких значениях масштаба). Там даже 5 меток могут перекрыть название населённого пункта. Метки сосредоточены в центрах городов, поэтому часто и перекрывают название.

В этом случае может помочь кластеризатор

Так я им и пользуюсь. Только в этом случае он никак не помогает )

Если только использовать совсем маленькие значки для него, а это не очень удобно.