Заголовок не указан

Посмотри здесь www.otkudaikuda.ru, правда там формируются 2 вектора (долгота, широта) с координатами и при клике вызывается JS функция, которая вытаскивает координаты для вызываемой точки и отображает на карте.

Есть пример создания пользовательских оверлеев. Вам нужно действовать по аналогии с обычными метками.

импортировал я с помощью $.getScript через jquery
а в скрипте строил массив с хешем
потом его перебирал и добавлял свои оверлеи

постраничный вывод сделай загрузкой через ajax, ибо удобнее и не особо сложно

Присвойте каждому объекту уникальный id и по нему связывайте точку и элемент списка. Найти точку по id можно так:
var org = ymapsml.filter(function (obj) {return obj.id == 'искомый id'})[0];
// если нашли объект
if (org) {
   // открываем его балун
   org.openBalloon()
}

В принципе можно искать не по id а по соответствию названия и адреса фирмы.