Меня интересует возможность динамического изменения координат
Насколько понимаю здесь нужно формировать AJAX запрос, но беда наверное будет заклюяаться в том, что с каждым новым AJAX запросом, будет формироваться новая коллекция геообъектов, и который придться удалть методом removeAll() но при этом у меток которых не изменились координаты, также удаляться, как выполнить мне провекру если у метки изменились координаты то удалить ее?
2. На основе ответа вы создаете коллекцию объектов
3. Добавляете коллекцию на карту.
При повторном запросе вам нужно проверить, какие метки остались на местах, а какие передвинулись.
Я бы посоветовала присваивать меткам какие-то уникальные id. Когда с сервера будет приходить ответ, вы будете проходить по добавленной коллекции и проверять по id, на карте метка или нет (или поменялись координаты). И в зависимости от этого делать какие-то действия.