В версии 1.1 многократно обсуждалась проблема, что нельзя запихнуть несколько маркеров в GeoObjectCollection и после этого вычислить getBounds():
http://clubs.ya.ru/mapsap
Как это решается в текущей, второй версии Яндекс.Карт? У меня есть произвольный массив с маркерами и я хочу получить границы.