Можно.
http://api.yandex.ru/maps/jsapi/doc/dg/concepts/markers_icon.xml
Всего есть 13 стандартных цветов меток.
Например, для того, чтобы задать красный цвет для значка необходимо прописать соответствующий стиль:
var placemark = new YMaps.Placemark(new YMaps.GeoPoint(35,55), {style: "default#redPoint"});