Пуст ли кластер?

У кластеризатора сейчас нет методов для получения списка добавленных объектов. Вы можете перед любым действием вызывать removeAll(). Если кластер пуст, эта операция ничего не будет делать. Если клатер не пуст, он почистится.

Лучше иметь прокси объект, который будет это делать, и он же будет хранить состояние кластера и решать задачи вашей бизнес логики — добавлять в кластер или нет. Это будет правильнее с точки зрения архитектуры.

По документации есть свойство кластера geoObjects, но в нем, похоже, нет нужной информации. Есть еще метод getObjectState, который на вход получает объект (он должен быть тем же самым, который и добавлялся) и возвращает его состояние.