searchControl удаление метки. 2.1.3

Сейчас никак. В следующем релизе приедет метод: hideResult.
Пока вы можете управлять геообъектами вручную.
Временное решение:
Пропишите в опции контрола noPlacemark, далее
в сообытии "resultshow" приходит индекс геообъекта, используя который вы можете получить через getResult(index) и делать с ним что угодно.

в общих чертах как-то так:
var placemark;
searchControl.events.add('resultshow', function (e) {
  var index = e.get('index');
  searchControl.getResult(index).then(function (geoObject) {
    placemark = geoObject;
    myMap.geoObjects.add(placemark);
  }, this);
});

// далее где-нибудь, где нужно удалить:
if (placemark) {
  myMap.geoObjects.remove(placemark);
}