Создание собственного слоя для определенного уровня зума

Можно.

Например, обратимся к примеру из документации.

Когда Вы переопределяете метод getTileUrl, то можете добавить туда дополнительное условие. В итоге получим следующий код:

var myData = new YMaps.TileDataSource("http://mt.gmapuploader.com/tiles/FVSH1JsvdT/", true, true);
myData.getTileUrl = function (tile, zoom) {
    if (zoom == 3) {
        return this.getTileUrlTemplate() + "/tile-" + zoom + "-" + (tile.y * Math.pow(2, zoom) + tile.x) + ".jpg";
    }
}

В итоге на 3 масштабе поверх карты будет отображаться дополнительный слой.

Осталось этот слой добавить на карту:
map.addLayer(new YMaps.Layer(myData));

Можно поступить по-другому: слушать событие Update карты и когда будет необходимый масштаб, то добавляем слой, иначе удаляем его с карты:
var myLayer = new YMaps.Layer(myData);
YMaps.Events.observe(map, map.Events.Update, function () {
    if (map.getZoom() == 3) {
        map.addLayer(myLayer);
    } else {
        map.removeLayer(myLayer);
    }
});

В этом случае никаких дополнительных условие в методе getTileUrl прописывать не надо.