Не выводятся кластеры

Попробуйте поотлаживать код. По-моему у вас просто не подгружается файл с данными

1. функция setPoints() нигде не вызывается

2. (даже если бы вызывалась) вы создается в цикле .each() кластеризатор и добавляете в него 1 объект - у вас всегда будет кластеризатор с последним объектом

3. в цикле же добавляете кластеризатор на карту yaMap
4. создаете карту myMap, а добавляете на карту yaMap

Правильнее прочитать данные из файла и записать их в массив, а потом после завершения цикла добавить их в кластеризатор, а потом добавить кластеризатор на карту.

Почитайте пример с выводом из csv-файла, очень похоже: http://webmap-blog.ru/yandex-maps/vyvodim-soderzhimoe-csv-fajla-na-yandeks-kartu-versiya-dlya-api-2-x