JavaScript работает на клиенте, а PHP на сервере. Зачастую PHP используется для формирования html страницы, которая отобразится у клиента. На этой странице может быть произвольный JS. То есть можно при помощи PHP генерировать нужный JS код или можно при помощи JS производить AJAX запрос к PHP скрипту (или статическому файлу), который будет возвращать координаты точек.