У нас в апи есть два типа слоев - картиночный слой (ходит по определенному url с номером тайла и зумом и запрашивает картинку, которая накладывается поверх карты) и хотспотный слой (то же, но для хотспотных объектов).
В вашем случае речь о слое не идет совсем. Вы загружаете KML, который предоставляет набор данных, описывающих метки. Апи создает на основе этих данных метки и добавляет их на карту в виде коллекции.
load - это загрузка данных
а вот map.geoObjects.add... - это их добавление на карту
как пример опишу что я бы хотел сделать, может посоветуете сделать по другому. У меня есть KML файл с дорогами например америки я хочу их все выгрузить на карту что бы сравнить с теми что есть у яндекса, пологаю что выгрузка из файла будет довольно долго проходить т.к какждую линию прийдется рисовать.
Можно попробовать провернуть это через geoQuery. Есть тонкость, что geoQuery умеет работать только с объектами, добавленными на карту. Поэтому можно попробовать так.
1. Берем коллекцию и добавляем ее в geoQuery
2. Выставляем всем элементам visible: false
3. Добавляем объекты на карту
4. Отсеиваем объекты через метод searchInside(map)
5. У отсеянных объектов выставляем опцию visible: false