Постепенная загрузка меток от активной области

Там собственно в АПИ всего несколько строчек

 В простейшем виде примерно так:

// Слушаем смену области видимости
myMap.events.add('boundschange', function () {
     // Получаем новую область видимости
     var bounds = myMap.getBounds();
     // Отправляем запрос на сервер за новыми геообъектами.
    jQuery.post('_url_to_server_', { bounds: JSON.stringify(bounds) }, function (json) {
        // удаляем старые геообъекты
        myMap.geoObjects.removeAll();
        // добавляем новые
        ymaps.geoQuery(json).addToMap(myMap);
    });
});