Я хочу создать слои из набора геообъектов. Т.е. слой метки вкл/откл, нажал вкл и на карте отобразились все метки, нажал вкл полигоны и на карте видны все полигоны.
Еще раз, это не слои, – это просто разные типы геообъектов.
Слои, это подложка карты (схема, спутник, гибрид) поверх которых ваши геообъекты отображаются.
Использование вами неправильной терминологии мешает понять ваши задачи.
Для группировки своих объектов по типу вы можете использовать разные геоколлекции (по одной для каждого типа) и включать/отключать их отображение через опцию "visible"