Есть пример файла YMapsML в справочнике http://api.yandex.ru/maps
В этом примере у метки должен отображаться значок с помощью картинки http://info.maps.yandex.n
В результате долгих ковыряний я выяснил, что такая ситуация возникает, если стиль задан элементе GeoObjectCollection первого уровня. Если стили задавать во вложенном элементе GeoObjectCollection, то всё работает корректно.
Тестовая страничка с двумя картами, правильной и неправильной: http://xml.yuga.ru/testfile.html
исходный XML-файл из примера в справочнике http://xml.yuga.ru/ymapsml-example.xml
исправленный XML-файл из примера в справочнике с добавленным уровнем вложенности http://xml.yuga.ru/ymapsml-example-fixed.xml