У меня нестандартное использование балуна.
Нужна возможность размещать балун под меткой.
В 2.0 можно было сделать balloon.options.set('zIndex', '0');
Для метки zIndex остался но он не помогает размести метку поверх балуна.
ЗЫ: Портипую свой плагин под новый интерфейс