Настройка кластера

Добрый день. Вы имеете в виду сворачивание меток в кластер?
За это отвечает много опций.
http://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1-dev/ref/reference/Clusterer.xml
К примеру:
Опцией "gridSize" - размер ячейки кластеризатора.
Опция "minClusterSize" - минимальное кол-во меток в кластере.
Опцией "groupByCoordinates" можно включить режим, при котором кластерами становятся точки только с  одинаковыми координатами.

Подробную информацию можно почитать здесь
http://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/dg/concepts/geoobjects.xml#clusters
или можно посмотреть примеры
http://api.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/clusterer_create