на карте отображать только те пункты, которые помечены

Добрый день. Вы хотите вначале поменять у определенных меток определенное свойство (к примеру, изменить цвет), а потом удалить все остальные с карты? Если да, то вам поможет GeoQuery
http://api.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/geoobjects_menu
http://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1-dev/ref/reference/GeoQueryResult.xml#search