У меня контейнер в котором находится карта удаляется. Если создаь потом динамически контейнер и вставить в него карту $(el).html(map.container.getElement()) сделать карту на весь экран, а потом вернуться в обычный режим, карта удаляется, т.к в ней закеширован контейнер
Так часто пересоздается контейнер? Тогда правильней, как посоветовала mari-na-bzzz, перемещать контейнер, в котором располагается верхний элемент. Про расход памяти - посмотрим, что там течет.