Сделал кастомную разметку метки, в форме круга, по примеру https://tech.yandex.ru/ma
Суть в том что если вызвать метод .setBounds() карты, то метка в форме круга выходит за видимую область карты.
Мне кажется это как то связано с css, в котором задаются отрицательные левый и верхний отступы для внутреннего контейнера круга в метке. (.circle_layout {left: -23px;top: -23px;})
Вот пример где можно воспроизвести ошибку. http://jsfiddle.net/uhbkr0oe/1/
Чтобы увидеть ошибку необходимо предварительно уменьшить размер окна в котором показывается карта, а затем выполнить код.
Прикрепляю скрин на всякий случай http://prntscr.com/5cmogf