Использовал для автоцентрирования
bounds = myMap.geoObjects.getBounds();
myMap.setBounds(bounds);
но после некоторых изменений перестало правильно работать. Карта центрировалась только иногда, в остальное время показывался нулевой масштаб.
Тогда я решил использовать ymaps.util.bounds.getCenterAndZoom(). И здесь было тоже самое. функция только иногда возвращала правильный зум, координаты меток были одни и те же. В остальное время возвращал нулевой зум.
А все это началось после того, как я начал прятать контейнер с помощью css, если не было координат.
Как доп сведения: инициализация и помещение меток на карту у меня разделены. Т.е. для каждого свой ready, этого требует структура сайта. И кстати из-за этого разделения у яндекс API возникает ряд проблем.