Если вручную выставить метке большой zIndex
ymarker.options.set('zIndex', 9999999) ,
то при наведении метка начинает прыгать в сторону и обратно.
Есть некоторые уточнения:
-Версия яндекс карт 2.0.39
-Картинка метки пользовательская (заменил дефолтную)
-Под меткой есть другие метки.
Раньше в версии 1 делал подобное, но бага не наблюдал.