Собственно в теме вся суть вопроса и указана.
Метки подтягиваются с сервера и по событию boundschange выводятся на карту в цикле через map.geoObjects.add, но все то, что за ее пределами - не плохо было бы удалить.
Смотрел в сторону map.geoObjects.each(...), но что-то не соображу как выудить координаты метки. Да и думаю есть какое-то встроенное решение этого вопроса, просто я его в упор не вижу.