Не очень понятно, как именно кластеризовать многоугольники. Если вы пытаетесь таким образом оптимизировать нагрузку, то вам нужен ObjectManager http://habrahabr.ru/company/yandex/blog/243665/
Не сделал. В примере просто "пробили дырку" из полигона для их MarkerManager - функцию getPosition, которая возвращает центр полигона, таким образом переводя его для алгоритма в точечный обьект.
я так и думал что они наверняка просто центр вычислили и им оперируют. по идее можно сделать также и на яндекс.апи , но насколько я понял вычисление центра плоской фигуры(центр тяжести) это двойной интеграл решать, так сильно в дебри не охота лезть , мб есть метод у полигона возвращающий "центр тяжести"?