Исчезают метки с карты при изменении масштаба пальцами на телефоне

На первый взгляд кажется что вы не обрабатываете дробные зумы которые появляются при зуме на тачевых устройствах. Можете попробовать запретить дробный зум или приводить его к целому в запросе за данными.