YMapsML.xml и geoXml.load 2.0 vs 2.1

res.geoObjects.each(function (geoObject) {
clusterer.add(geoObject);
});

это аналогично удалению элемента из массива при его переборе.
Лучше уж тогда так
var geoObject;
while(geoObject = res.geoObjects.get(0)) {
clusterer.add(geoObject);
}

А вообще-то есть geoQuery, как-то так должно сработать
var clusterer = ymaps.geoQuery(ymaps.geoXml.load(_xmlPath)).clusterize();
myMap.geoObjects.add(clusterer);