а как это правильно записать myMap.geoObjects.remove(myPlacemark[i])?
Если вы хотите удалять метку сразу после добавления, то это правильная запись.
Если уже позже и в результате события, то указатель myPlacemark[i] будет указывать на последний элемент в массиве myPlacemark, т.к. цикл к этому моменту уже отработает i == myPlacemark.length - 1