myObjects не должен создаваться каждый раз внутри checkState. Он создается один раз после добавления всех меток в myMap.geoObjects и должен содержать все объекты.
В вашем случае с коллекциями будет так: myMap.geoObjects.add(...); window.myObjects = ymaps.geoQuery(myMap.geoObjects);