Следующий код отрабатывает на версии 2.0, но не 2.1. Иначе говоря 2.1 не ставит нового балуна, а выводит дефолтный. Как с путем, так и точками.
ymaps.ready(function(){
var map = new ymaps.Map("map",{
center: [55.76, 37.64],
zoom: 10
});
var testingBalloon;
ymaps.route([
'Королев',
{type: 'viaPoint', point: 'Мытищи'},
'Химки'
], {
mapStateAutoApply: true
}).then(function (route) {
route.getPaths().options.set({
balloonContentBodyLayout: ymaps.templateLayoutFactory.createClass('kyky'),
strokeColor: '0000ffff',
opacity: 0.9
});
route.getWayPoints().options.set({
balloonContentBodyLayout: ymaps.templateLayoutFactory.createClass('hello kitty')
});
map.geoObjects.add(route);
});
})