Привет. Для полигона получаешь bounding box (например, через метод polygon.geometry.getBounds()), ищешь через АПИ организации в указанном прямогульнике (bounding box). Получаешь список организаций с координатами, отфильтровываешь те, которые не входят в твой полигон (см. http://rosettacode.org/wiki/Ray-casting_algorithm) Набросал небольшой пример: https://jsfiddle.net/t9drm4yx/4/