Содержимое балуна заданное с помощью метода setBalloonContent() риоритетнее содержимого, созданного с применением текущего стиля содержимого балуна, см. Справочник по программному интерфейсу.

Поэтому код будет выглядеть примерно следующим образом:
// Создаем шаблон
var template = new YMaps.Template('$[name]>$[description]v>');

// Создаем стиль для содержимого балуна
var style = new YMaps.Style();
style.balloonContentStyle = new YMaps.BalloonContentStyle(template);

// Создадим и применим к метке новый стиль
var placemark = new YMaps.Placemark(new YMaps.GeoPoint(37.330156,44.891185), {style : style});
placemark.name = "Имя метки";
placemark.description =  '\
           

Alternative content

\
           

\
                http://www.adobe.com/go/getflashplayer">\
                    http://www.adobe.com/images/shared/download_buttons/get_flash_player.gif" alt="Get Adobe Flash player" />\
                \
           

\
        '
map.addOverlay(placemark);   

YMaps.Events.observe(placemark, placemark.Events.BalloonOpen, function () {
    swfobject.embedSWF("111.swf", "myContent", "400", "100", "9.0.0", "expressInstall.swf");
    placemark.update();
});