Как в коде поменять цвет линии?

Отрезки маршрута представляют из себя ломаные линии, у которых можно поменять стиль с помощью метода setStyle().
Подробнее о смене стиля у ломаных:
http://api.yandex.ru/maps/jsapi/doc/dg/tasks/how-to-add-polyline.xml#polyline-style

Получить доступ к отрезкам ломаной можно с помощью метода getRoute() в обработчике события Success.
Подробнее о маршрутизаторе:
http://api.yandex.ru/maps/jsapi/doc/dg/concepts/router.xml