Как переделать пример полилинии со стрелками, чтобы работал fromEncodedPoints?

fromEncodedPoints - это статический метод класса YMaps.Polyline, поэтому он не наследутеся.

Можно создать свой метод fromEncodedPoints, однако levels учитываться не будут в данной реализации.

PolylineWithArrows.fromEncodedPoints = function (encodedPoints, levels, options) {
    var tempPolyline = YMaps.Polyline.fromEncodedPoints(encodedPoints, levels, options);
    return new PolylineWithArrows(tempPolyline.getPoints(), options);
};