Что быстрее: JSON или YMAPS ML?

JSON немного побыстрее будет. Однако, на клиенсткой стороне вам необходимо будет провести предподготовку данных перед их отображением на карте. В случае же с YMapsML - все уже подготовлена для отображения на карте.

YMapsML "заточен" под работу с API Яндекс.Карт. С ним работать удобнее.

Все завсисит от решаемой задачи.