Как закрыть балун

Можно, но средствами АПИ получить доступ к разметке балуна (не создав собственный макет) нельзя. Вы можете либо сделать простенький макет, что-то вроде:

var myLayout = function () {
  var $element = YMaps.jQuery('

Текст в балуне ссылка

');
  this.onAddToParent = function (parent) {
     $element.appendTo(parent).bind('click', function (e) {
        map.closeBalloon();
        return false; // Чтобы браузер не пытался перейти по ссылке
     }
  };

  this.onRemoveFromParent = function () {
    $element.remove();
  };
};

var myTemplate = new YMaps.LayoutTemplate(myLayout);

и далее указать в стиле этот шаблон (например, если балун открывается у метки):
var placemark = new YMaps.Placemark(point, { style: { balloonContentStyle: { template: myTemplate } } });

Либо Вы можете указать уникальный id для Вашего тэга a и после открытия балуна самостоятельно найти его в DOM и повесить обработчик событий.

Ну раз дошло до конкретных примеров...
Аппендим в плэйсмарк такой код

TextOfBalloon  X 

А до или после создания баллунов пишем такое:

// $ - для краткости
$(".balloon-close").live("click", function(){
    $(this).parents("p:first").hide();
});

И создаем баллуны сколько душе угодно.

Попробуйте пример со своим макетом (http://clubs.ya.ru/mapsapi/replies.xml?parent_id=8554&item_no=8533&with_parent=1#reply-mapsapi-8554), там этой проблемы нет.

вариант два - посмотрите чей ивент срабатывает раньше.
если ваш - тогда можно заглушить его спуск дальше в карту ( preventDefault )