они только тайловые..
YMaps.Layers может удалять и добавлять слои. Т.е. "выключать" слой нужно удалением? А что например с порядком слоев, как следить за его сохранением?
Да, вы правильно поняли. "Выключить слой" означает удалить с карты, "включить слой"- добавить на карту.
Последний добавленный слой будет перекрывать остальные. Однако, вы можете сменить порядок слоев через z-index контейнера слоев. Получить доступ к контейнеру можно с помощью метода getContainer().