Cпасибо большое всем, кто причастен, за введение дополнительных модулей, в частности — активные области. Радостная новость придала оптимизма.
С их помощью мы смогли реализовать проект с большим (и постоянно увеличивающимся) количеством меток (пока ~3000) без потери в производительности и с минимальным временем загрузки карты с метками. Почему? Как работает? Читайте про активные области.
Отдельное спасибо модератору Саше за содействие, поддержку и указание "носом" (так сказать) в эти модули, которые, к счастью, во время стали доступны.
Если кому интересно — проект